難題一：換版時間長
換版前的準備工作要做好。使用設備的中心線作為基準，可以方便并精確的設定模切工具，包括全尺寸的模切版、預裝的底模版等等。同時，工具的機外預裝，機器上的微調也使得重復產品的調校時間進一步減少。在好的管理體系下，通常重復產品的換版時間，包括自動清廢在內，可在30分鐘之內完成。
難題二：印切的精度差
目前用戶對印品高品質的要求日益提高，包裝盒設計也日趨復雜。復雜盒型對于模切質量精度要求也相應提高，為保持±0.15mm的誤差范圍，必須使用合格的模切機，同時要注意調較步驟，特別是輸紙臺和紙張到達前規的時間。
難題三：模切質量不佳和紙毛多
低質量的紙板，如再生紙板，使得模切工序愈加困難。為達到較好的模切質量，操作工必須摸索出正確的準備方法，特別是補底的方法，可通過逐步增壓和區域補壓的方法保持模切刀的鋒利。對于使用很多刀線的產品，平衡刀版是非常重要的，這樣可以明顯減少補壓的時間。另外，需要根據不同產品的要求，如排版、紙板質量等，來選擇不同硬度的膠條。
難題四：連接點太多太大
紙盒的最終用戶總是要求連接點更小更少，同時生產商總是讓機器速度運轉的更快，這樣就增加了操作工的難度。為減輕難度，連接點應該在受力點，用磨線機打，在需要打連接點的刀邊使用硬膠條或軟木以防止連接點斷裂，這樣連接點可以更小更少。
難題五：痕線不規則
考慮到折疊糊盒的需要，紙盒必須有好的壓痕線。更重要的是，當這些盒子在自動包裝機上運行時，打開的力量必須穩定一致。這樣，模切時選擇合適類型的痕線是基本的要素。根據紙張的厚度，選擇痕線的高度和寬度，將合適的痕線條粘結在模切底板上，壓痕就能達成更高質量并使盒子易折。
難題六：生產速度慢
許多紙盒印刷廠的模切機模切速度相對較低，如2000～3000張/小時，而有些印刷廠的模切機模切速度能高達7000～7500張/小時。使用現代化的自動模切機，操作工很容易達到最高的生產速度。通過使用設備廠商推薦的工具使生產速度達到優化。另外，也能使產品達成高品質。
難題七：廢品率高
大多數印刷廠廢品率通常都居高不下。在模切調校開始時會有一些廢品，這可以通過使用合適的工具和正確的步驟來降低。運行過程中的廢品是停機和堵紙產生的，正確的調校和準確的工具準備能降低廢品率。另外，人工清廢也會增加廢品率并降低利潤率。
